В Сколтехе прошло два потока интенсива по анализу метагеномов
В Сколковском институте наук и технологий осенью прошел интенсивный курс по анализу метагеномов для старшеклассников и студентов, организованный Лабораторией анализа метагеномов Сколтеха. Это продолжение интенсива по биоинформатике, который команда лаборатории проводила летом.
Первый поток Интенсива по анализу метагеномов состоялся 23-25 сентября, второй прошел с 30 сентября по 2 октября 2022 года.
Автор и ведущий курса — Матвей Колесник, сотрудник лаборатории и руководитель направления гражданской науки в проекте Атлас микробных сообществ России.
Курс был посвящен анализу метагеномов — одному из главных направлений научной работы лаборатории. Метагеномы получают в результате секвенирования образцов воды или почвы, содержащих одновременно множество разных организмов. Метагеном, таким образом — это совокупность разных геномов.
Преимущество метагеномного подхода в том, что он позволяет изучать микроорганизмы, которые невозможно культивировать в лаборатории и поэтому нельзя секвенировать в изолированном виде. Именно такие малоизученные организмы могут оказаться источником новых антибиотиков или инструментов редактирования генома, используемых в биотехнологии. Поэтому изучение метагеномов — очень перспективное направление.
Курс по анализу метагеномов состоял из теоретической и практической части.
Теоретическая часть включала две лекции от Матвея Колесника. На лекции "Современные технологии секвенирования" участники познакомились с такими методами чтения геномов, как нанопоровое секвенирование и секвенирование на платформе Illumina, и узнали, как и зачем анализируют полученные с помощью этих методов последовательности.
На лекции "Поиск новых природных антибиотиков" Матвей рассказал, как геномные и в частности метагеномные данные помогают в поиске неизвестных антимикробных соединений.
Практическая часть была посвящена освоению биоинформатических методов работы с метагеномными данными. Данные были получены путем секвенирования на платформе Oxford Nanopore образцов воды, собранных сотрудниками лаборатории.
Участники интенсива выясняли, какие бактерии попали в образцы, какие из них с наибольшей вероятностью вырабатывают антибиотики, и искали в их геномах защитные системы. Работа проходила под руководством Матвея, в аудитории работала команда специалистов — студентов и сотрудников, которые помогали участникам решить все возникающие проблемы с анализом.
Курс должен был дать слушателям представление о метагеномике и научить основам биоинформатических методов. Участники за два дня практикума совершили небольшое метагеномное исследование на реальных данных и получили навыки для возможной дальнейшей работы.
Альбомы с фотографиями c интенсивов:
Первый поток 23-25 сентября
https://vk.com/labmeta?z=album-212988041_287522421
Второй поток 30 сентября-2 октября
https://vk.com/labmeta?z=album-212988041_287492764