Будущие события
Интенсив
по биоинформатике
24 - 26 марта / Большой бульвар, 30, стр 1, Москва
Регистрация закрыта
Спасибо всем зарегистрировавшимся! В ближайшее время сделаем информационную рассылку
В нашей лаборатории мы изучаем тонкости взаимодействий между бактериями и их вирусами. Одно из направлений нашей научной работы — исследование новых защитных систем, которые помогают бактерии противостоять инфекции. На предстоящем интенсиве мы предлагаем вам познакомиться с одной из тем, которой активно занимаются наши сотрудники.
В 1982 году советские ученые исследовали вирусы, которые заражают стрептомицетов — важных продуцентов антибиотиков. В ходе исследований обнаружился штамм — вариант бактерий — с очень необычным поведением. Если заразить этот штамм бактериофагом, то вначале инфекция идет как обычно: клетка погибает, и из нее выходит множество новых фаговых частиц. Вот только это потомство уже оказывается неспособным заразить штамм, на котором оно выросло: каким-то образом зараженная клетка, перед тем, как погибнуть, помечает вирусные геномы, и другие клетки при инфекции распознают их и блокируют инфекцию. Систему, которая таким странным образом защищает бактерий от вирусов, назвали Pgl — phage growth limitation.
С момента открытия системы Pgl прошло сорок лет, и до сих пор никто не знает, как именно эта система работает. Исследования осложняются тем, что стрептомицеты — не самый удобный объект для исследований. Однако в последние годы биоинформатики предсказали множество новых защитных систем, среди которых нашлись системы, которые по своей организации похожи на Pgl — эти системы назвали BREX (bacteriophage exclusion systems). Системы устроены достаточно сложно: они состоят из нескольких генов, функции большинства из которых неизвестны, но некоторые из этих систем можно перенести в более удобные модельные организмы, такие как кишечная палочка.
Одним из подходов к изучению новых защитных систем является поиск вирусных ингибиторов, которые взаимодействуют с компонентами бактериальных систем защиты и инактивируют их. Мы в нашей лаборатории изучали взаимодействие бактериофага T7 с клетками, кодирующими систему BREX, и наткнулись на одну удивительную историю.
Известно, что бактериофаг T7 с низкой эффективностью способен заражать клетки, кодирующие BREX систему. В лаборатории мы отобрали мутантов бактериофага, которые оказались способны полностью обходить систему BREX. Это наблюдение само по себе очень странное: те эксперименты, которые мы проводили, позволяют отбирать фагов, у которых происходят “поломки” генов, то есть гены утрачивают свои функции, а здесь мы видим обратную картину: бактериофаг каким-то образом мутировал так, что у него появился новый компонент, ингибирующий защитную систему. Мы отсеквенировали геномы мутировавших бактериофагов, чтобы разобраться, что же с ними произошло, и перед нами открылась практически детективная история. На предстоящем интенсиве мы предлагаем вам вместе с нами разгадать эту загадку и посмотреть на очередной виток бесконечной эволюционной гонки между вирусами и их хозяевами.
Мероприятие будет проходить в главном здании Сколковского института науки и технологий 24-26 марта.
Для участия нужен ноутбук!
В 1982 году советские ученые исследовали вирусы, которые заражают стрептомицетов — важных продуцентов антибиотиков. В ходе исследований обнаружился штамм — вариант бактерий — с очень необычным поведением. Если заразить этот штамм бактериофагом, то вначале инфекция идет как обычно: клетка погибает, и из нее выходит множество новых фаговых частиц. Вот только это потомство уже оказывается неспособным заразить штамм, на котором оно выросло: каким-то образом зараженная клетка, перед тем, как погибнуть, помечает вирусные геномы, и другие клетки при инфекции распознают их и блокируют инфекцию. Систему, которая таким странным образом защищает бактерий от вирусов, назвали Pgl — phage growth limitation.
С момента открытия системы Pgl прошло сорок лет, и до сих пор никто не знает, как именно эта система работает. Исследования осложняются тем, что стрептомицеты — не самый удобный объект для исследований. Однако в последние годы биоинформатики предсказали множество новых защитных систем, среди которых нашлись системы, которые по своей организации похожи на Pgl — эти системы назвали BREX (bacteriophage exclusion systems). Системы устроены достаточно сложно: они состоят из нескольких генов, функции большинства из которых неизвестны, но некоторые из этих систем можно перенести в более удобные модельные организмы, такие как кишечная палочка.
Одним из подходов к изучению новых защитных систем является поиск вирусных ингибиторов, которые взаимодействуют с компонентами бактериальных систем защиты и инактивируют их. Мы в нашей лаборатории изучали взаимодействие бактериофага T7 с клетками, кодирующими систему BREX, и наткнулись на одну удивительную историю.
Известно, что бактериофаг T7 с низкой эффективностью способен заражать клетки, кодирующие BREX систему. В лаборатории мы отобрали мутантов бактериофага, которые оказались способны полностью обходить систему BREX. Это наблюдение само по себе очень странное: те эксперименты, которые мы проводили, позволяют отбирать фагов, у которых происходят “поломки” генов, то есть гены утрачивают свои функции, а здесь мы видим обратную картину: бактериофаг каким-то образом мутировал так, что у него появился новый компонент, ингибирующий защитную систему. Мы отсеквенировали геномы мутировавших бактериофагов, чтобы разобраться, что же с ними произошло, и перед нами открылась практически детективная история. На предстоящем интенсиве мы предлагаем вам вместе с нами разгадать эту загадку и посмотреть на очередной виток бесконечной эволюционной гонки между вирусами и их хозяевами.
Мероприятие будет проходить в главном здании Сколковского института науки и технологий 24-26 марта.
Для участия нужен ноутбук!
Программа интенсива
Лекция Михаила Скутеля о защитных системах прокариот
24 марта
17:00-18:00
17:00-18:00
Лекция Алины Демкиной о современных технологиях секвенирования
24 марта
18:00-19:00
18:00-19:00
Практические занятия (1 часть)
25 марта
11:00-17:00
11:00-17:00
Практические занятия (2 часть)
26 марта
11:00-17:00
11:00-17:00
Свяжитесь с нами:
По любым вопросам пишите нам на studymetarussia@gmail.com, а также подписывайтесь на нас в соцсетях
Прошедшие события