Будущие события
30.09.22 - 2.10.22
Интенсив по анализу метагеномов, второй поток

19.11.22 – 19.11.22
Конференция для молодых ученых
ГЕНОМИКА, МЕТАГЕНОМИКА
И МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОЛОГИЯ МИКРООРГАНИЗМОВ
Интенсив
по анализу метагеномов
Второй поток
30 сентября - 2 октября / Большой бульвар, 30, стр 1, Москва


Приглашаем старшеклассников и студентов
Участие бесплатно
Заполните форму, и мы с вами свяжемся.
Заявки принимаются до 27 сентября
Клеткам бактерий приходится решать множество непростых задач. Помимо непрерывных поисков источников энергии и веществ для синтеза клеточных компонентов, им приходится бороться с огромным числом вирусов, которые норовят разобрать бактерий на детали, а также конкурировать за ресурсы с другими бактериями. Многие бактерии успели приобрести внушительный арсенал защитных систем, позволяющих им бороться с вирусами, и набор биосинтетических кластеров, благодаря которым они могут выделять антибиотики, подавляющие рост других клеток.

Из открытия природных антибиотиков людям удалось извлечь большую пользу - антибиотикотерапия стала самым эффективным способом лечения бактериальных инфекций. После внедрения антибиотиков в медицинскую практику смертность от бактериальных инфекций снизилась в несколько раз, стало возможным избавлять людей от болезней, которые считались неизлечимыми, а ожидаемая продолжительность жизни выросла на 5-10 лет. Использование антибиотиков не ограничивается терапией бактериальных инфекций - известны антибиотики, подавляющие рост грибов, и даже антибиотики, подавляющие рост злокачественных опухолей.

Но чем активнее люди использовали антибиотики, тем быстрее распространялись бактерии, на которые эти антибиотики уже не действуют. Поначалу эту проблему можно было решить поиском новых веществ, но со временем этот процесс становится все труднее. Быть может, когда-нибудь обычное воспаление легких снова станет смертельно опасной болезнью, а диагноз “туберкулез” снова будет приговором. Но пока что на планете существуют неисчерпанные источники новых антибактериальных соединений - например, практически неизученные бактериальные сообщества морей Северного Ледовитого океана, в которых могут обитать неизвестные нам бактерии, выделяющие совершенно новые антибиотики.

Для защитных систем бактерий люди также нашли применение - например, программируемые нуклеазы систем CRISPR-Cas широко применяются для редактирования геномов. Однако у используемых на текущий момент нуклеаз есть свои недостатки - к примеру, многие из них кодируются генами большого размера, что затрудняет их доставку в клетки. По этой причине актуален поиск новых геномных редакторов.

В плане поиска новых геномных редакторов и новых биосинтетических кластеров особый интерес представляют некультивируемые микроорганизмы. Мы до сих пор очень мало знаем о них, поскольку исследовать такие организмы напрямую очень тяжело, если вообще возможно. Но методами метагеномики мы может определить последовательности молекул ДНК, содержащихся в образце, и из них попытаться восстановить исходные геномы организмов, населявших образец. Анализируя полученные последовательности, мы можем предсказать, какие организмы обитали в образце, а также определить некоторые их свойства - например, какие антибиотики они могли синтезировать, и как они могли бороться с вирусами.
В нашей лаборатории мы проанализировали образцы воды и грунта, собранные в Белом море и в нескольких заповедниках. Мы выделили из этих образцов ДНК и сделали метагеномное секвенирование, а еще изолировали несколько штаммов, которые продуцируют антибиотики, и отсеквенировали их геномы.

Мы предлагаем вам вместе с нами заняться анализом этих геномных последовательностей и попробовать отыскать в них ранее неизвестные биосинтетические кластеры и защитные системы. На наших лекциях вы сможете узнать о современных технологиях секвенирования ДНК, а также о том, как искать новые антибиотики и инструменты для геномного редактирования. На практических занятиях вы сами сможете проанализировать данные, которые мы получили в нашей лаборатории. В этот раз мы будем работать с данными, полученными на платформе Oxford Nanopore, в которой используется один из самых современных и быстроразвивающихся подходов к секвенированию нуклеиновых кислот.

Программа интенсива
Даты указаны для первого (23-25 сентября) и второго (30 сентября-2 октября) потоков
Лекция "Современные технологии секвенирования"
23/30 сентября
17:30-19:00
Лекция "Поиск новых природных антибиотиков"

23/30 сентября
19:00-20:30
Практикум по анализу геномов продуцентов антибиотиков
24 сентября/
1 октября
11:00-17:00
Лекция "Защитные системы прокариот"
25 сентября/
2 октября
11:00-13:00
Практикум по поиску защитных систем в прокариотических метагеномах
25 сентября/
2 октября
13:30-17:00
Свяжитесь с нами:
По любым вопросам пишите нам на studymetarussia@gmail.com, а также подписывайтесь на нас в соцсетях
Прошедшие события