Атлас микробных сообществ России
Составляем карту мест обитания микробов, открываем неизвестные виды, ищем новые способы применения бактериям и вирусам при помощи анализа метагеномов и других биоинформатических методов.
Приглашаем волонтеров – школьников, студентов и всех остальных – присоединиться к проекту и внести свой вклад в науку!
Приглашаем волонтеров – школьников, студентов и всех остальных – присоединиться к проекту и внести свой вклад в науку!
Атлас микробных сообществ России
Составляем карту мест обитания микробов, открываем неизвестные виды, ищем новые способы применения бактериям и вирусам при помощи анализа метагеномов и других биоинформатических методов.
Приглашаем волонтеров – школьников, студентов и всех остальных – присоединиться к проекту и внести свой вклад в науку!
Приглашаем волонтеров – школьников, студентов и всех остальных – присоединиться к проекту и внести свой вклад в науку!
О проекте
Цель проекта “Атлас микробных сообществ” – исследование многообразия микроорганизмов на территории России.
Уникальность этого проекта в том, что в нем задействованы не только ученые, а широкий круг людей – школьники, студенты, волонтеры. На проекте “Атлас микробных сообществ” вы можете освоить биоинформатические методы и внести вклад в научные исследования!
Уникальность этого проекта в том, что в нем задействованы не только ученые, а широкий круг людей – школьники, студенты, волонтеры. На проекте “Атлас микробных сообществ” вы можете освоить биоинформатические методы и внести вклад в научные исследования!
Мы организуем экспедиции и собираем пробы грунта и воды в труднодоступных местах, выделяем метагеномную ДНК (ДНК всех микроорганизмов в пробах) и с помощью биоинформатических методов ищем ответы на разные увлекательные вопросы. Например, почему археи выживают в сверхгорячих источниках? Какие есть бактерии-симбионты у морских губок? Еще мы ищем новые антибиотики, вычленяя из метагеномов специальные биосинтетические кластеры.
Как это работает
Экспедиция
Сбор проб воды и грунта
Секвенирование
Анализ данных
Гражданская наука
Обучающая платформа
На нашей онлайн-платформе для обучения есть:
- Курс лекций по биоинформатике с тестами
- Интерактивная карта атласа с доступом к реальным данным секвенирования образцов
Интерактивная карта образцов
Из курса лекций вы узнаете:
Какими разными и необычными бывают прокариоты и их вирусы
Что такое геномные технологии: секвенирование, ПЦР, сборка геномов
Что полезного можно извлечь из геномов микроорганизмов и как это делается
Как геномы прокариот могут помочь в поиске новых лекарств
В курсе пять лекций.
Его читают сотрудники Лаборатории анализа метагеномов:
После каждой лекции можно проверить свои знания, выполнив тест.
Чтобы прослушать курс (он бесплатный и доступен всем), зарегистрируйтесь.
Его читают сотрудники Лаборатории анализа метагеномов:
- Константин Северинов (д.б.н, директор лаборатории)
- Матвей Колесник (научный сотрудник)
- Дмитрий Травин (научный сотрудник).
После каждой лекции можно проверить свои знания, выполнив тест.
Чтобы прослушать курс (он бесплатный и доступен всем), зарегистрируйтесь.
Образовательные мероприятия
Учебные материалы с мероприятий
Вы можете ознакомиться с учебными материалами, которые использовались на практических занятиях на нескольких наших интенсивах - мастер-классах по биоинформатике.
Поиск новых вирусов в метагеномах полости рта
Интенсив прошел в Сколтехе 20-21 мая 2023 года.
Практическая часть интенсива была посвящена поиску вирусных последовательностей в метагеномах, полученных при секвенировании образцов, собранных из ротовой полости человека.
Список необходимых программ здесь
Практическая часть интенсива была посвящена поиску вирусных последовательностей в метагеномах, полученных при секвенировании образцов, собранных из ротовой полости человека.
Список необходимых программ здесь
Материалы
Поиск новых ингибиторов системы BREX
Интенсив прошел в Сколтехе 24-26 марта 2023 года.
На практической части интенсива участники исследовали механизм устойчивости мутантного бактериофага T7, полученного в нашей лаборатории, к бактериальной защитной системе BREX.
Список необходимых программ здесь
На практической части интенсива участники исследовали механизм устойчивости мутантного бактериофага T7, полученного в нашей лаборатории, к бактериальной защитной системе BREX.
Список необходимых программ здесь
Материалы
Поиск новых антирестрикционных белков фага T5
Интенсив прошел в Сколтехе 15-17 июня 2022 года.
Система PARIS — одна из защитных систем бактерий, позволяющая им избежать заражения бактериофагами. Бактериофаг Т5 в норме не способен заражать кишечную палочку, несущую PARIS, но в нашей лаборатории получили мутантных фагов T5, которые научились обходить систему PARIS и заражать клетки. Главная задача этого практикума заключалась в том, чтобы определить, какие изменения в геноме бактериофага обеспечили устойчивость к бактериальной защитной системе.
Видеозапись лекционной части здесь
Список необходимых программ здесь
Система PARIS — одна из защитных систем бактерий, позволяющая им избежать заражения бактериофагами. Бактериофаг Т5 в норме не способен заражать кишечную палочку, несущую PARIS, но в нашей лаборатории получили мутантных фагов T5, которые научились обходить систему PARIS и заражать клетки. Главная задача этого практикума заключалась в том, чтобы определить, какие изменения в геноме бактериофага обеспечили устойчивость к бактериальной защитной системе.
Видеозапись лекционной части здесь
Список необходимых программ здесь
Материалы
Проектная деятельность
Помимо обучающей платформы с курсом лекций, мы работаем со школьниками индивидуально. Они выбирают тему работы, которая соответствует одному из направлений наших исследований, и выполняют собственный проект под нашим руководством.
Проект может быть связан как с “мокрой” работой в лаборатории, так и с биоинформатическим анализом.
Проект может быть связан как с “мокрой” работой в лаборатории, так и с биоинформатическим анализом.
Примеры проектов
Поиск продуцентов антибиотиков
Работа в лаборатории с культурами бактерий. Экспериментальное определение бактерий, выделяющих антимикробные вещества
Поиск анти-рестрикционных компонентов фага T5
С помощью биоинформатических методов выясняем, как бактериофаг борется с "иммунитетом" бактерии
Анализ метавиромов морской воды
Моря очень мало исследованы с точки зрения вирусов, которые там обитают. Именно в морских пробах высок шанс найти новый неизвестный вирус
Поиск вирусов термоацидофильных архей
Эти археи живут в очень горячих кислых источниках. Есть гипотеза, что их устойчивость связана с особыми вирусами
Научно-популярные материалы
В этом разделе мы разбираем разные интересные детали из жизни микробов, рассказываем об открытиях в области биоинформатики и микробиологии.
Партнёры
