24- 26 марта в Сколковском институте науки и технологий прошел интенсив по биоинформатике для старшеклассников и студентов на тему "Поиск новых ингибиторов системы BREX".
На интенсиве мы выясняли с помощью биоинформатического анализа, как один бактериофаг научился обходить бактериальную защитную систему.
На интенсиве мы выясняли с помощью биоинформатического анализа, как один бактериофаг научился обходить бактериальную защитную систему.
![](https://static.tildacdn.com/tild6130-6363-4634-a535-303862613261/IMG_0943_cor.jpg)
Системы BREX (bacteriophage exclusion systems) - это защитные системы, которые помогают бактериям бороться с бактериофагами. Эти системы сложно устроены и плохо изучены. Одним из подходов к их изучению является поиск вирусных ингибиторов, которые взаимодействуют с компонентами бактериальных систем защиты и инактивируют их.
Бактериофаг T7 обычно плохо заражает клетки, кодирующие BREX систему. Но нам в лаборатории удалось получить мутантов бактериофага, способных полностью ее обходить. Мы отсеквенировали геномы мутировавших бактериофагов, чтобы разобраться, что же с ними произошло, и перед нами открылась практически детективная история. На интенсиве мы погрузились в нее вместе!
Бактериофаг T7 обычно плохо заражает клетки, кодирующие BREX систему. Но нам в лаборатории удалось получить мутантов бактериофага, способных полностью ее обходить. Мы отсеквенировали геномы мутировавших бактериофагов, чтобы разобраться, что же с ними произошло, и перед нами открылась практически детективная история. На интенсиве мы погрузились в нее вместе!
![](https://static.tildacdn.com/tild3636-6634-4665-b237-306265383364/IMG_0947_cor.jpg)
В первый день прошла лекционная часть. Ее вели сотрудники нашей лаборатории Алина Дёмкина и Михаил Скутель.
Михаил прочитал лекцию о защитных системах прокариот, а Алина - о современных технологиях секвенирования.
![](https://static.tildacdn.com/tild3637-3335-4562-b136-383763336264/IMG_0931_cor.jpg)
Во второй и третий дни была практическая часть. Участники осваивали командную строку Линукса и биоинформатические программы, а затем искали мутации в геномах полученных в нашей лаборатории фагов T7 под руководством Михаила Скутеля и Матвея Колесника.
![](https://static.tildacdn.com/tild6535-3964-4538-a265-656338303939/IMG_0962_2.jpg)
![](https://static.tildacdn.com/tild6666-3836-4935-a134-313333333532/IMG_1026_2.jpg)
![](https://static.tildacdn.com/tild3262-3433-4634-a334-393937633234/IMG_1006_.jpg)
Альбом с фотографиями можно найти по ссылке