24- 26 марта в Сколковском институте науки и технологий прошел интенсив по биоинформатике для старшеклассников и студентов на тему "Поиск новых ингибиторов системы BREX".
На интенсиве мы выясняли с помощью биоинформатического анализа, как один бактериофаг научился обходить бактериальную защитную систему.
Системы BREX (bacteriophage exclusion systems) - это защитные системы, которые помогают бактериям бороться с бактериофагами. Эти системы сложно устроены и плохо изучены. Одним из подходов к их изучению является поиск вирусных ингибиторов, которые взаимодействуют с компонентами бактериальных систем защиты и инактивируют их.
Бактериофаг T7 обычно плохо заражает клетки, кодирующие BREX систему. Но нам в лаборатории удалось получить мутантов бактериофага, способных полностью ее обходить. Мы отсеквенировали геномы мутировавших бактериофагов, чтобы разобраться, что же с ними произошло, и перед нами открылась практически детективная история. На интенсиве мы погрузились в нее вместе!
В первый день прошла лекционная часть. Ее вели сотрудники нашей лаборатории Алина Дёмкина и Михаил Скутель.
Михаил прочитал лекцию о защитных системах прокариот, а Алина - о современных технологиях секвенирования.
Во второй и третий дни была практическая часть. Участники осваивали командную строку Линукса и биоинформатические программы, а затем искали мутации в геномах полученных в нашей лаборатории фагов T7 под руководством Михаила Скутеля и Матвея Колесника.